大陸外交部發言人洪磊10日表示，
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，中方對台灣對外交往等立場是「一貫且明確的」，
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，中方嚴重關切日本和台灣簽署漁業協議，
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，希望日本切實恪守在台灣問題上的承諾，
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，慎重妥善行事。
針對台日簽署漁業協議，
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，國台辦發言人范麗青10日也表示，
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，釣魚島及其附屬島嶼是中國的固有領土，
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，在捍衛領土主權的基礎上，
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，維護兩岸漁民在這一傳統漁場的漁業權益，
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，是兩岸雙方的責任所在。
石垣漁民不滿又擔憂
在日本方面，日本內閣官房長官菅義偉10日晚間表示，對於台日簽定這項有歷史性意義的協議，表示歡迎；同時指這將有助於地區內的安定。
日本《朝日新聞》等主流媒體則指這次日本與台灣達成協議主要著眼於牽制中國，日本政府對此則予以否認。菅義偉表示，「日本政府完全沒有這種想法」。他重申日本對尖閣諸島（日本對釣魚台列嶼的稱呼）擁有主權的立場沒有改變。
然而，菅義偉在戰戰兢兢回答記者提問時，也出現口誤。他表示，「東日本大震災時，台灣捐贈賑災款項最多，是親日的『國家』，因此非常希望與台灣間能早日締結協議」。話畢，只見幕僚遞上紙條，菅義偉看後立即修正自己的話，指他要說的是「地區」。
然而，沖繩地區的漁民則有不同看法。位於石垣的漁民對政府未先詢問他們的意見表示不滿，同時，也對過去往往不遵守海上捕漁秩序的台灣漁民進入共同漁場，表示擔憂。
大陸方面有網友驚呼「台灣承認釣魚島是日本的？」華東師範大學國際關係與地區發展研究院副教授包承柯表示，釣魚島是非常敏感、複雜的問題，漁業雖看起來不敏感，但簽署協議、劃定共同管理區，就牽涉釣魚島的管轄主權問題。
陸學者批台灣中圈套
兩岸共同立場就是日本不擁有釣魚島的主權，大陸官方也公開表示，釣魚島屬於台灣宜蘭，但日本未來將可拿這份協議，說台灣承認日本主權。
包承柯說，日媒說得很清楚，此舉就是要挑撥兩岸關係、不讓兩岸聯手保釣，台灣卻真的中了日本圈套，台灣認為是重大突破，但真正在主權問題上退讓的，其實是台灣。他還批，這次簽約的日方代表都不夠「規格」，也傷害了台灣的尊嚴。
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